基因组学

Overview

基因组学共享资源(GSR)是一个完全自动化的, 配备所有主要批量测序的高通量基因组中心, 单细胞多组学和空间基因组学技术. GSR提供最先进的技术, 综合服务, 以及专业知识, 使这些服务以具有成本效益和及时的方式为基础科学和转化/临床研究服务. 除了, GSR提供实验前咨询和实验后支持, 包括准备拨款申请, 出版物, 以及进一步研究步骤的战略规划. GSR还为教师提供教育培训, staff, 提高学生对基因组学和生物信息学领域的新方向和重大发现的认识.

目标与使命

  1. 向研究界提供长、短读测序(第三代和下一代/第二代)
  2. 开发并保持我们所提供的基因组服务的最高质量和可靠性
  3. 领导制定基因组服务的质量标准(例如.g.，样品处理，数据分析和解释)
  4. 通过教育推进个体化医学这一相对较新的专业领域, 研究, 和出版物

领导

李新民，博士
李新民，博士
Director
Lim Hyun-Ju，博士
Lim Hyun-Ju，博士
副主任

邮寄地址

38 - 123 CHS
650查尔斯·杨博士.
洛杉矶，皇冠hga02590095
皇冠hga025大学洛杉矶分校邮件代码173517

电话: 310-206-3945
Fax: 310-825-3570
Email: (电子邮件保护)
网站: 皇冠hga025大学洛杉矶分校TCGB

主要的服务

  • 长读测序/牛津纳米孔gridonx5
  • 下一代测序
    • 图书馆建设:1-3天
    • 顺序:3天- 3周
  • 单细胞多组学
    • 图书馆建设:2-3天
    • 测序3天-3周
  • 空间基因组学
    • 图书馆建设:
      • 10倍Visium: 2天
      • GeoMx DSP: 3天
      • CosMx SMI:两天
    • 顺序:3天- 3周
      • 数据分析:1-3天
      • DNA/RNA分离:1-2天
      • 质量控制:当日或次日
      • QRT-PCR(个案分析)

长读测序(第三代)和下一代测序(第二代)

DNA和RNA测序是确定给定DNA片段的核苷酸顺序的过程. 核苷酸序列编码了生物生存和繁殖所必需的信息. 因此，确定这个序列对研究生物体的生存方式是有用的. 我们的核心设施提供许多测序选项，以满足您的个性化需求, 利用(a) Oxford NanoPore GridIONx5长读测序(通过在单分子水平上读取核苷酸序列), (b) Illumina短读测序(通过对数百万个DNA片段进行大规模平行测序，并快速产生更高的通量).

  • 全转录组测序
  • 小RNA测序(miRNA-Seq)
  • 全外显子组测序
  • 有针对性的重新排序
  • 全基因组测序
  • 染色质免疫沉淀测序(ChIP-Seq)
  • 甲基化测序(Methyl-Seq)
  • 拷贝数变异测序(CNV-Seq)
  • ATACseq

单细胞多组学

铬10x基因组学3 '单细胞基因表达解决方案提供了全面的, 可扩展的解决方案，用于数百到数万个细胞的细胞表征和基因表达谱. 铬单细胞免疫谱同时检测人类或小鼠组织中数百至数万个T细胞和B细胞的适应性免疫反应和免疫谱的细胞背景. 最新的是铬单细胞ATAC(转座酶可及染色质测定), 这加速了对基因组调控图景的理解, 提供对细胞变异性的洞察.

新的BD Rhapsody™HT Xpress系统是一个高通量平台，具有强大的基于微孔的单细胞分割技术，特别适用于脆弱和异质细胞群. 它能够捕获和条形码单细胞, 允许捕获超过320个,每盒000个细胞. 这一进步使研究人员能够进行涉及数百万个单个细胞的研究.

  • Chromium™单细胞3 '文库构建(3 '基因表达+ FB (Feature Barcode))
  • Chromium™单细胞5′免疫文库构建(5′基因表达+单细胞V(D)J + FB (Feature Barcode))
  • 铬™单细胞ATAC解决方案
  • 铬单细胞多组ATAC + 3′基因表达
  • BD狂想曲扫描器/HT Express

空间基因组学

复杂生物体的每个器官都由不同类型的细胞组成，这些细胞在不同的微环境下以高度结构化的方式相互作用. 这种高度结构化的空间异质性使生物体能够正确有效地运作. 充分了解基因在特定细胞类型中的功能, 我们必须根据细胞在组织中的位置来研究基因表达. 空间转录组学是一项最近发展起来的变革性技术，它结合了大量RNAseq和In-stiu杂交的全球转录分析的优势, 在静止细胞空间位置的背景下提供转录组学数据.

目前可用的三种空间转录组学技术:

  1. 10X 基因组学的10X Visium空间转录组学:
  • 描述整个转录组，并与新鲜或FFPE组织兼容
  • 服务包括:
    • 10X基因表达(GEX) +蛋白表达(PEX)
    • 10倍组织优化(TO)
  1. CosMx SMI用于纳米串技术的单细胞成像
  • 提供各种RNA面板单细胞成像
  • 服务包括:
    • CosMx Hs Univ RNA板(2或4张/RUN)
    • CosMx Hs免疫肿瘤学RNA小组(2或4张幻灯片/RUN)
    • CosMx Mm神经RNA板(2或4片/RUN)
  1. Nanostring Technologies公司的GeoMx数字空间分析器(GeoMx DSP):
  • 转录组或靶板的RNA和蛋白质谱
  • 服务包括:
    • GeoMx®癌症转录组图谱(CTA)(1833个基因)
    • GeoMx Human Whole Transcriptome Assay (WTA) (>20000 genes)
    • GeoMx Mouse Whole Transcriptome Assay (>21000 genes)
    • GeoMx免疫通路组(96个基因)

高级数据分析

TCGB拥有各种学术和商业数据挖掘软件以及基因组数据分析的其他资源, 包括Partek流, VarSeq, 匠心路径分析, 猎鹰自动基因组分析系统, Hoffman2数据分析聚类, UCLA CASS服务器, Illumina basespace测序中心专业, 亚马逊云HIPAA兼容的研究计算, 存储系统服务器.

  • 标准的门店 & 微阵列数据分析
  • 先进和定制的数据分析
  • 在线数据传递，长期存储和数据检索
  • 数据分析咨询和软件教程

其他服务

每年举办教育讲习班. Our core facility also provides RNA/DNA extraction; RNA/DNA quality control and quantification; cDNA synthesis for quantitative-PCR; and QRT-PCR.

设备

GSR约占2,568平方英尺的实验室位于健康科学中心的三楼, CHS 38 - 123, 38-126和33-388. 它由18名基因组学和生物信息学人员操作. GSR是一个使用以下设备的高通量基因组中心. 除了提供湿实验室服务, GSR开发了广泛的信息基础设施和有效的数据获取手段, storage, 和分析. 我们可以使用先进的软件包括Partek流, VarSeq, 匠心路径分析, 和猎鹰自动系统, Hoffman2数据分析聚类, UCLA CASS服务器, Illumina basespace测序中心专业, 亚马逊云HIPAA兼容的研究计算, 存储系统服务器, 显著提升TCGB快速处理大量数据并将其转化为新发现的整体能力.

NGS

牛津纳米孔GriDIONX5测序系统, Illumina NovaSeq™X Plus测序系统, Illumina NovaSeq™6000测序系统, 10X 基因组学 Chromium™控制器单细胞测序系统, Illumina NextSeq 500测序系统, Illumina MiSeq个人音序器系统, 全基因组公司DNBseq T7测序系统, IntegenX Apollo 324和Beckman Coulter BioMek i7用于自动化NGS文库制备, Covaris M220用于DNA剪切

单细胞多组学

铬控制器/IX/连接10x单细胞测序(3 ' GEX + FB, TCR/BCR, 5 'gex + FB, 5 'gex + V (D) J, 5'gex + tcr / bcr + fb, Multiome 3'GEX + ATAC, BD狂想曲扫描/HT Express狂想曲多组学

空间基因组学

10X Visium/CytAssist空间多组学系统, Nanostring GeoMx DSP空间多组学系统, 和Nanostring CosMx SMI空间多组学系统

核酸分离机器人

Roche MagNa Lyzer仪器，用于自动组织均质, 生物链AnaPrep自动核酸制备系统, Qiagen QIAcube HT全自动中、高通量核酸纯化系统, QIAcube Connect用于小型核酸分离.

质量控制

Agilent 2100生物分析仪，Agilent 2200安装台，NanoDrop 8000，量子比特2.采购产品萤光计，量子位Flex萤光计，片段分析仪，Varioskan Lux平板阅读器

数据分析与管理

Partek流, VarSeq, 匠心路径分析, 猎鹰自动基因组分析系统, Hoffman2数据分析聚类, UCLA CASS服务器, Illumina基地空间测序中心专业, 亚马逊云HIPAA兼容研究计算和存储系统

其他设备

应用生物系统公司7500快速实时PCR系统, Bio-Rad C1000触摸式热循环器, Thermo Scientific DNA120 Speedvac浓缩器

运作政策及程序

GSR的运作政策如下:

  • 每次实验前, 主任和副主任安排了两次与调查员及其工作人员的会议. 第一次会议是讨论实验策略，第二次会议是讨论技术问题和费用
  • 当样品到达时, GSR进行严格的质量控制之前, during, 每次实验结束后. 当质量达到既定标准时, 实验室经理将数据提供给研究者，并在GSR数据存储服务器上保存一份副本，至少保存两年
  • 实验完成后, GSR协助调查人员进行数据分析, 出版, 拨款申请准备, 根据要求

为确保提供最优质的服务，政府服务中心制定了以下使用政策:

  • 质量保证:数据质量保证发生在初始样品通过GSR质量控制(QC)时。. GSR遵循严格的QC指导方针，确保数据质量等于或高于仪器或试剂盒制造商的质量规范.
  • 灵活性:调查员可以在他们选择的任何阶段使用GSR服务. 举个例子, GSR服务可以从组织开始并交付分析数据，也可以从预构建的库开始并交付原始数据. GSR将尽一切努力满足研究者的特殊科学需求.
  • 营业时间:GSR从上午8:00到下午6:00可以访问.m.星期一至星期五. 通过与实验室经理的安排，用户可以在非工作时间访问GSR.
  • 周转时间:GSR自动化通常支持快速周转时间. 尽管GSR优先考虑JCCC调查项目, 85%的NGS样品在两周内处理完毕, 在收到JCCC的微阵列样品一周内完成100%的处理, non-JCCC, 以及非皇冠hga025大学洛杉矶分校的用户.
  • 优先考虑:JCCC会员优先考虑, 非jccc皇冠hga025大学洛杉矶分校调查员有第二优先权, 外部用户的优先级最低. However, 在外部用户中, 其他癌症中心的癌症研究人员会得到更好的安排.
  • 低价格:GSR为每种服务提供三个价格等级. 大多数服务的费用低于或类似于JCCC成员的试剂成本，低于或类似于非JCCC UCLA调查员的“试剂成本+人工”. 大量的外部用户使得JCCC调查人员可以享受这些优惠价格(查看完整的价格清单), 见下文).

Pricing

下载以上服务价目表